Нагасаки находился у длинной бухты, образующей лучшую естественную гавань на всем острове Кюсю. Главные деловые и жилые районы располагались на небольшой равнине, рядом с краем бухты. Две реки, разделявшие отроги гор, образовали две основные равнины, где и лежал город. Горы и нерегулярная планировка города чрезвычайно снизили разрушения района, так что на первый взгляд Нагасаки выглядел менее опустошенным, чем Хиросима. Участок плотной застройки естественно ограничен ландшафтом, и потому занимал менее 4 кв. миль из 35 кв. миль общей площади. Нагасаки был одним из крупнейших морских портов южной Японии и имел огромное военное значение из-за многих и разнообразных производств, включая изготовление орудий, кораблей, боевой техники и другой матчасти. Атака на эту длинную узкую полоску земли была особенно важна из-за находящейся там промышленности. В противоположность к современному виду Нагасаки, все жилье, почти что без исключения, было сделано из дерева или с деревянным каркасом, с деревянными оштукатуренными либо нет стенами, и черепичными крышами. Множество небольших производств и деловых учреждений так же помещалось в деревянных постройках или непрочных каменных зданиях. Нагасаки много лет развивался без согласованного и сколько-нибудь определенного плана города и поэтому жилые дома и заводские корпуса по всей промышленной долине оказались рядом друг с другом так близко, как это только возможно. АтакаНагасаки никогда не подвергалась крупномасштабной бомбардировке до взрыва атомной бомбы. Тем не менее, 1 августа 1945 там было сброшено несколько фугасных бомб. Часть из этих бомб угодила в верфи и доки юго-западной части города. Несколько попало в сталелитейный и оружейный заводы Мицубиси; шесть бомб - в Медицинскую школу и госпиталь и три из них - прямо в эти здания. В то время как разрушения от этого нападения были относительно невелики, они создали значительное беспокойство в Нагасаки и часть людей, в основном школьники, были эвакуированы в сельские районы, таким образом, к моменту атомной атаки население города несколько сократилось. С утра 9 августа, примерно в 7:50 по японскому времени, в Нагасаки прозвучала воздушная тревога, отмененная в 8:30. Когда только две летающие крепости B-29 в 10:53 попали в поле видимости, японцы, предположительно, приняли их за разведывательные и не дали новой тревоги. Несколько минут спустя, в 11:00 наблюдательный B-29 сбросил на трех парашютах блок с измерительной аппаратурой, а в 11:02 другой самолет сбросил атомную бомбу.Бомба взорвалась высоко над промышленной долиной Нагасаки, почти на полпути между сталелитейными и оружейными производствами Мицубиси к югу, и торпедным заводом Мицубиси-Юраками к северу, двумя главными целями в городе. Несмотря на чрезвычайную важность, первая операция по бомбардировке Хиросимы была почти рутинной. Второе задание не было таким неосложненным. Вновь был специально подготовлен и отобран экипаж, но несколько затруднений внесла погода. Они лучше всего описаны в коротком сообщении специалиста по вооружению капитана Ф. Л. Ашворта (F. L. Ashworth), военно-морской флот, входившего в команду техсопровождения бомбы и ответственного за успешное бомбометание в должное время и над намеченной целью. Его рассказ приведен ниже: "Ночью нашего вылета бил шквал с дождем, и вспышки молний сверкали в темноте с обескураживающей непрерывностью. Прогноз погоды предвещал шторм на всем пути от Марианских островов до Империи. Наше место встречи отодвинулось до юго-восточного побережья о-ва Кюсю, где-то в 1500 милях пути. Там мы должны были сойтись с двумя сопровождающими наблюдательными B-29, взлетевшими несколькими минутами после нас. Искусный пилотаж и отличная навигация позволили нам добраться до точки встречи без инцидентов." "Через примерно 5 минут после нашего прибытия, мы встретили первый сопровождающий B-29. Тем временем другой запоздал с подлетом, видимо сбившись с курса во время ночного шторма. Мы ждали 30 минут и затем направились без второго наблюдательного самолета к району цели." "Во время подлета к цели, специально установленное в самолете оборудование сообщило о готовности бомбы к функционированию. Мы подготавливались сбросить вторую атомную бомбу на Японию. Но рок был против нас, цель была полностью скрыта в дымке и тумане. Три раза мы пытались выполнить бомбометание, безуспешно. Затем открылся зенитный огонь, несколько вражеских истребителей поднялись за нами и мы отправились к запасной цели - Нагасаки." Так, каприз погоды спас город от полного разрушения. Но у командования США было много запасных вариантов, и одним из них стал Нагасаки. "Взрыв бомбы сопровождался ослепительной вспышкой и огромным столбом черного дыма, поднимавшегося навстречу нам. Вне этого столба дым клубился колоссальным завивающимся грибом серого цвета, залитым красным светом, всполохами огня, и достигшим высоты в 40 000 футов менее чем за 8 минут. Ниже облаков, мы могли видеть черный дым, опоясавший вместе с пожарам ...