В конце 2002 года Марк Янсен покинул After Forever из-за творческих разногласий с остальным коллективом и стал собирать музыкантов для своего нового музыкального проекта. Еще до ухода из After Forever он, вместе с Адом Слюйтером, гитаристом из группы Cassiopeia, организовал сайд-проект, тематика которого была основана на музыке к фильмам.Кроме Ада Слюйтера, в новую группу, названную Sahara Dust, также вошли басист Ив Хатс из Axamenta, клавишник Коэн Янссен и барабанщик Иван Хендрикс. Вскоре место Ивана Хендрикса занял Деннис Лифланг из Within Temptation. Но и он пробыл в команде недолго, уступив место Йеруну Симонсу, барабанщику из группы Ада, Cassiopeia.В начале 2003 года на место ведущей вокалистки группы Марк пригласил Хелену Михаэльсен из Trail of Tears, однако вскоре её сменила юная и ещё никому не известная вокалистка Симона Симонс, девушка Янсена. Хелена Михаэльсен основала проект Imperia.Также в 2003 году название группы было изменено на Epica под впечатлением от альбома "Epica" группы Kamelot, фанатами которой являются все участники группы. Новое название группы имело 2 значения. Во-первых, это дань группе Kamelot, а во-вторых, Epica — это место во Вселенной, где можно найти ответы на всего насущные вопросы. Это значение, которое идеально подходит к содержанию лирики группы.Epica стала использовать в своей музыке хор из двух мужчин и четырёх женщин, а также струнный оркестр: три скрипки, два альта, две виолончели и контрабас.Дебютный альбом группы, "The Phantom Agony", вышедший в июне 2003 года, продюсировал Саша Пает, известный по работе с такими коллективами, как Angra, Rhapsody of Fire и Kamelot. По некоторым данным, хор, участвовавший в записи альбома, состоял из 6 мужчин и 6 женщин.Альбом быстро стал популярным в Голландии, а затем и во всей Европе. В поддержку альбома было выпущено три сингла ("The Phantom Agony" (сингл), "Feint", "Cry For The Moon") и проведено полноценное турне.Кроме того, Epica поучаствовала на ряде фестивалей, в том числе на немецком Wave Gotik Treffen, бельгийском Graspop и турецком Rock The Nations.В сентябре 2004 года коллектив выпустил свой первый DVD, "We Will Take You With Us", представляющий собой live-видео из студии.Второй альбом группы, названный "Consign to Oblivion" и вышедший в 2005 году, был написан под влиянием культуры цивилизации майя и таких известных композиторов, пишущих музыку к фильмам, как Ханс Циммер и Дэнни Эльфман. В записи песни альбома принимал участие вокалист Kamelot Рой Хан (песня "Trois Vierges"). В ответ, Симона Симонс снялась в промо-видео "The Haunting" группы Kamelot. Кроме того, Epica (как группа поддержки) отправилась в тур вместе с Kamelot, продвигавшей свой альбом "The Black Halo".В сентябре 2005 года Epica создала третий альбом, "The Score - An Epic Journey", саундтрек к голландскому фильму "Joyride".В сентябре 2007 года Epica выпустила четвёртый альбом — "The Divine Conspiracy". Это первый концептуальный альбом группы.Он завершает начатую ещё After Forever серию о религии "The Embrace That Smothers" (Объятия, которые душат). Концепция альбома посвящена мировым религиям. По словам музыкантов, этим альбомом они хотят донести до слушателя, что, несмотря на огромное количество верований в нашем мире, люди должны осознать, что суть всех религий в одном. В целом альбом можно охарактеризовать как намного более тяжёлый, но вместе с тем и более готичный. Возросла роль ударных, а гроулинг Марка Янсена присутствует почти во всех песнях.16 декабря 2008 года гитарист Ад Слюйтер покинул группу. На своей странице в MySpace Ад оставил сообщение с причинами ухода из группы, одной из которых было отсутствие времени на сочинение музыки из-за плотного графика выступлений. В январе 2009 года ему была найдена замена в лице Исака Делахайе, ранее игравшего в группе God Dethroned.4 марта 2009 года группа объявила о своём возвращении в студию, где уже начата запись новых песен. В апреле 2009 года было объявлено название нового альбома — "Design Your Universe". Его выход состоялся 16 октября 2009 года. 2010 стал годом масштабных и практически беспрерывных турне в поддержку "Design Your Universe": Южная Америка, США, Канада, Южная, Западная и Северная Европа. Помимо концертов группа приняла участие в числе таких крупнейших европейских фестивалей, как Summers End Open Air (Германия), Norway Rock (Норвегия), Metalcamp (Словения), Toulouse Metal Fest (Франция), Metal Fest Open Air в Германии и Австрии, Dauwpop (Нидерланды), Hunterpop (Нидерланды), Masters of Rock (Чехия), Pinkpop (Нидерланды) и конечно же, стала хедлайнером на Metal Female Voices Fest 8.В сентябре, перед началом европейского турне, Epica впервые за 8 лет своего существования посетила Россию, где дала 2 концерта - в Москве и Санкт-Петербурге. Оставшись под впечатлением от теплого приема российской публики, ребята обещали вернуться в туре к следующему новому альбому.Из-за масштабного турне и нехватки времени выход полноценного DVD группы был отложен на следующий год. Единственным новым материалом, выпущенным в этом году, стал благотворительный сингл "This Is The Time" - результат сотрудничества Epica и нидерландского подразделения Всемирного фонда дикой природы (WWF). Вся прибыль от продаж сингла и мерчандайза была направлена в фонд. На "This Is The Time" также был снят видеоклип, посвященный защите окружающей среды. Также Epica выпускает музыку к играм, без вокала, в частности "Diablo 2" и "Diablo 3".На 2011 год у группы большие планы - продолжение турне "Design Your Universe" в Европе, Великобритании, Южной Америке, традиционное выступление в Paradiso, выпуск концертного DVD, участие в летних фестивалях и, наконец, запись нового альбома.В одном из своих интервью в ноябре 2010 года Симона рассказала о том, что собирается начать писать музыку для нового альбома где-то в феврале 2011-го, сразу после окончания латиноамериканского тура. Уже в мае было написано 14 треков, однако оставалось написать ещё лирику к ним. 7 сентября 2011 года группа сообщила о том, что в немецкой Gate-studio начались звукозаписывающие сессии, группа вновь сотрудничает с продюсером Сашей Паэт (Kamelot, Avantasia, Rhapsody of Fire). 1 декабря было объявлено о том, что работа получила название "Requiem For The Indifferent".Этот альбом был навеян ненормальной тенденцией в мире к возрастанию количества конфликтов между представителями различных религий и культур, развязыванию войн, природных катастроф, а также появлением глубокого финансового кризиса. Релиз альбома состоялся 9 марта 2012 года в Европе и 13 марта в США. 24 марта группа сообщает о том, что пути бас-гитариста Ива Хутса и Epica разошлись. На освободившееся место приходит Роб ван дер Лоо (экс-Delain, MaYaN).