По некоторым источником эта дыра в Белизе является результатом постоянного обвала известняковых пещер сформировавшаяся во время, когда был низкий уровень моря в последний ледниковый период. Милионы лет Голубая дыра была сухой пещерой, в которой медленно формировались сталактиты и сталагмиты. После окончания ледникового периода тысячи лет назад уровень моря повысился и покрыл эти пещеры.