Спустя некоторое время после второй части главный герой снова попадает в историю. Убегая от хулиганов в школе в которую только перевёлся Бастиан забегает в школьную библиотеку где находит книгу Бесконечная история с помощью которой перемещается в страну Фантазию. Но все бы ничего но хулиганы случайно находят книгу и поняв в чем дело пытаются помешать Бастиану вернуться обратно в наш мир а так же приводят страну Фантазию к катастрофическому разрушению. Бастиан при помощи своих старых друзей пытается спасти страну Фантазию от школьных хулиганов...