В XIV-XVII веках здесь располагалось сельцо Елох. Во второй половине XV века Елохово было пригородным подмосковным селением, где стояла церковь Владимирской иконы Божией Матери. В ее приходе в 1468 году родился знаменитый московский юродивый Василий Блаженный.Старая Басманная, которая вела и в Елохово, и в раскинувшуюся за ним Немецкую слободу, была центральной улицей дворцовой Басманной слободы, где селились царские пекари, (от татарского «басман» — дворцовый или казенный хлеб), или по старой, менее вероятной версии, мастера серебряных дел.А Богоявленский собор в древности, возможно, был обыкновенной сельской церковью. Документально он известен с 1687 года, а уже в 1712-1731 гг. был перестроен в камне, на средства его прихожанина, полковника Воронецкого и царевны Прасковьи Ивановны. Кирпич на него пожаловал лично Петр I. Строительство растянулась надолго, и он был освящен только в 1731 году.В конце XVIII столетия прихожанами старого петровского Богоявленского храма стала семья Пушкиных. Известно, что великий поэт родился в Немецкой слободе и был крещен в старом Богоявленском соборе в 1799 году. Именно по записи в метрической книге Богоявленского собора, обнаруженной в 1927 году было установлено, в каком именно доме родился русский поэт. Старый петровский собор простоял до середины XIX века столетия. В 1830-х годах заказ на его перестройку получил известный московский архитектор Евграф Тюрин, прославившийся строительством домовой церкви св. Татьяны Московского университета и его Аудиторного корпуса на Моховой.И в октябре 1853 года обновленный, красивый, величественный Богоявленский собор был освящен.После революции этот храм не закрывался. В праздник Сретения в 1925 году торжественную Литургию в нем служил Святейший Патриарх Тихон.А в феврале 1935 года Бауманский райсовет, ссылаясь на «наказы избирателей», постановил открыть в Богоявленском соборе один из крупнейших кинотеатров города. К счастью, этому решению не суждено было сбыться. Вскоре из разрушенной Богоявленской церкви в Дорогомилове сюда переместилась кафедра Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), который в сентябре 1943 года стал Патриархом. После кончины в 1944 году он был погребен в северном Никольском приделе собора.В Богоявленском соборе на клиросе с юга от Царских врат главного престола покоятся мощи святителя Алексия, митрополита Московского.Богоявленский собор особенно подвергся оскорблениям и нападкам со стороны «воинствующих атеистов» в период хрущевских гонений на Церковь. Однажды во время всенощного бдения под Вербное воскресенье в храм ворвался неизвестный и ударил совершавшего богослужение Патриарха Алексия. В другой раз крестный ход, также возглавляемый Патриархом, встретила пьяная толпа с гитарами и непристойными песнями, которыми она пыталась заглушить церковное пение. В верующих полетели камни, и одним из них была серьезно ранена в голову служащая французского посольства, присутствовавшая на крестном ходе.Когда в начале 1992 года Успенский собор Московского Кремля стал Патриаршим, Богоявленский собор сделался кафедральным.