Могущественная корпорация «Абстерго» создала технологию высвобождающую генетическую память, чтобы с помощью потомков ассасинов найти древний артефакт — яблоко Эдема. «Абстерго» находит Каллума Линча и подстраивает его смерть. После этого он переживает приключения своего предка, Агилара де Нерха во времена Испанской инквизиции XV века. Заполучив невероятные способности и знания, Каллум сражается с членами ордена тамплиеров в наше время.