Проект Borknagar был задуман в 1995 году гитаристом Ойстейном Гарнсом Брюном, до этого игравшего в банде Molested. Первым делом Брюн написал музыку и тексты, а уж затем занялся подбором кадров. При этом он брал в свою команду не кого попало, а людей довольно известных в металлическом мире. Вокалистом Borknagar стал Гарм (Ulver, Arcturus), за барабаны уселся Грим (экс-Immortal, Gorgoroth, Ancient), клавишные достались Ивару Бьорнсону (Enslaved), а бас-гитару взял Инфернус (Gorgoroth). Вся эта компания не стала отвлекаться на различные демки, а сразу же записала полноценный альбом, изданный лейблом Malicious Records.Слушателям понравилось свежее эпическое звучание новоявленной команды, а в прессе замелькали хвалебные отзывы. Увидев, что его музыка является востребованной, Брюн тут же бросился сочинять новый материал. Попутно был заключен контракт с крупным немецким лейблом Century Media. В период сессий у Инфернуса возникли какие-то трудности, и он ушел, передав басуху Каю Кей Лаю.Для записи альбома была арендована студия Woodhouse в немецком городе Хаген, а руководил процессом небезызвестный Вольдемар Соричта. В результате напряженной работы музыкантов на свет появился один из лучших блэковых релизов того времени – «The olden domain». Кстати надо сказать, что предводитель Borknagar, Брюн, старался всячески дистанцироваться от термина «блэк», называя свою музыку эпик-металлом. Именно поэтому члены команды не использовали на сцене традиционный для чернушников корпспэйнт. На волне успеха «The olden domain» группа провела свое первое европейское турне, выступив в одной связке с In Flames и Night In Gales.Эти гастроли Borknagar провели в несколько измененном составе: место Гарма занял Симен Хестнес, а вторую гитару взял Йенс Эф Райланд. Несмотря на некоторые технические неполадки, возникавшие в процессе тура, концерты прошли успешно, и публика осталась довольна. Осенью 1998-го на свет появился третий альбом норвежцев, «The archaic course». Релиз получил 7 из 7 баллов в Hammer и 14 из 15 – в Deftone, а тем временем журнал Guitar World поместил у себя целую статью о Borknagar и их эпической музыке.Однако внутри коллектива все выглядело не так гладко и после выхода диска команду покинули сразу трое – Грим, Ивар и Кай. Наняв басиста и драммера на сессионной основе, группа отправилась раскручивать «The archaic course» в компании с Cradle of Filth и Napalm Death. Закончив европейские гастроли, викинги отправились за океан, где вместе с Emperor в течение месяца терзали уши американцев. Уже по возвращении домой команда пополнилась «свежей кровью»: к ней присоединились клавишник Ларс Недланд и ударник Асгейр Микелсон. Обновленная конфигурация отправилась в студию Abyss, где под присмотром Петера Тагтгрена родила на свет очередной шедевр, «Quintessence».Этот альбом стал последним для Симена Хестнеса, который решил сконцентрироваться на работе в Dimmu Borgir. Место вокалиста в Borknagar занял давний приятель Брюна, Андреас Хелунд ака Винтерсорг, а на бас был ангажирован Тир, сессионщик из Emperor и Satyricon. Правда, после «Empiricism» Тир ушел, а вслед за ним исчез и Райланд.В ноябре 2000 года был найден новый певец — Андреас «Винтерсорг» Хедлунд, известный по сольному проекту Vintersorg и работе в Otyg. Как и предыдущие вокалисты, он сочетает чистый вокал и скриминг. Басистом стал Ян Эрик Торгерсен. С ними Borknagar выступили на фестивале Inferno в Осло, а затем записали очередной альбом «Empiricism», на котором Borknagar снова продемонстрировали образчик мелодичного блэк-металического звучания с элементами прогрессива. Характерное атмосферное звучание добавил орган Хаммонда, который использовал Недланд. За выходом альбома должен был последовать тур с Finntroll, но он не состоялся.После выхода «Empiricism» у Borknagar наступил перерыв. Брюн и Хедлунд объявили о создании сайд-проекта Ion, Рюланд, Микельсен и Торгерсен сосредоточились на работе в других группах. Правда в августе 2002 года музыканты собрались для выступления на Wacken Open Air. В 2003 году Borknagar снова собрались, чтобы записать альбом «Epic». Альбом был записан вчетвером, так как Йенс Рюланд и Эрик Торгерсен оставили группу. Поэтому Брюн записал все гитарные партии, а Микельсон дополнительно к основным обязанностям ударника взял на себя бас-гитару. В июне 2004 года «Epic» был издан. Тогда же в интервью Брюн говорил о планах по выпуску DVD, который включал бы как записи концертов, так и другие документальные кадры с группой, и акустического альбома в том числе с ремейками старых песен.Вышедший в 2006 году альбом «Origin» заметно отличался от предыдущих работ преобладанием акустических инструментов. Виолончель, скрипка и флейта, на которых играли приглашённые музыканты, привнесли в альбом фолковое и классическое звучание. По словам Брюна, «Origin» — это «не окончательная смена музыкального стиля группы, а скорее музыкальный поиск и вызов как для нас [Borknagar], так и для слушателей». Ещё одной особенностью альбома стало то, что каждый из четырёх участников написал текст хотя бы одной песни.В декабре 2007 года Borknagar подписали контракт на 3 альбома с норвежским лейблом Indie Recordings. Весной 2008 года в группу вернулись Рюланд и Торгерсен, но ушёл ударник Микельсон, позднее его сменил американский музыкант Дэвид Кинклейд. В июле на Cenrury Media вышел сборник «For the Elements» (1996—2006). На ноябрь 2008 намечено выступление Borknagar на фестивале Screamfest в Осло, на котором также состоится первая церемония вручения Norwegian Metal Awards.Первый альбом на Indie Recordings, «Universal», был выпущен в феврале 2010 года. Релиз планировался на 2009 год, но был отложен по решению лейбла.В июне группу покинул басист Эрик Тиваз, на место которого вернулся ICS Vortex. В отсутствие Винтерсорга, занятого другими проектами, ICS Vortex будет также концертным вокалистом.В августе 2010 года группа вынуждена была отменить южно-американский тур из-за обстоятельств, которые вышли из-под контроля группы. В январе 2011 года закончился срок контракта с Indie Recordings, а в марте Borknagar подписывают контракт с Century Media Records на выпуск трёх альбомов.В апреле группа официально подтвердила возвращение ICS Vortex в группу в качестве постоянного вокалиста и бас-гитариста. 25 октября Дэйв Кинкэйд на своей ударник Facebook-странице сообщил, что ушел из Borknagar и теперь полностью сфокусирован на Soulfly. В февраля на его место в группу приходит Баард Колстад из ICS Vortex.