Группа основана в 1995 году Арьеном Лукассеном. Арьен является композитором, автором текстов и фактически единственным постоянным участником коллектива, играющим в записи на всех инструментах, кроме ударных, а также продюсером группы. Постоянным ударником группы является Эд Варби, остальные музыканты - сессионные и приглашённые звезды.Ayreon дебютировали в 1995 году с альбомом The Final Experiment, который являлся рок-оперой о средневековом барде по имени Айреон, которому являются видения о далёком будущем человечества. От имени главного героя Лукассен и взял название проекта, и под этим названием в 1996 выпустил второй альбом, Actual Fantasy, единственный альбом проекта, в котором нет чёткой концепции и сюжета.В 1998 году Ayreon выпускает на двух дисках концептуальный психоделический альбом Into the Electric Castle, вдохновлённый творчеством Pink Floyd. Следующим релизом был также двухдисковый The Universal Migrator, концептуальный альбом на тематику космоса и научной фантастики. В его записи приняли участие многие известные музыканты. в частности, Фабио Лионе из Rhapsody, Лив Кристин из Theatre of Tragedy, Брюс Диккинсон из Iron Maiden, Аннеке ван Гирсберген из The Gathering, Тони Мартин (экс-Black Sabbath), Ленни Вольф из Kingdom Come и другие. Universal Migrator - альбом, выпущенный в 2000 году и состоящий из двух частей: The Dream Sequencer и Flight of the Migrator. Продавался он как два отдельных диска, хотя по сути представляет собой единое целое.В 2004 году состоялся релиз The Human Equation. Этот альбом, снова ставший концептуальной оперой, рассказывает о том, что происходит в голове человека, лежащего в коме. В записи принял участие Джеймс ЛаБри (Dream Theater). В 2005 юбилейном году (10-я годовщина Ayreon) был переиздан альбом The Final Experiment. Издание имело бесплатное приложение в виде полу-акустического диска.В конце сентября 2006 года, когда была закончена новая студия Арьена, он начал работу над новым альбомом, который получил название 01011001. Этот альбом был заметно мрачнее, чем предыдущие релизы Ayreon. Лукассен объясняет это его прошлогодним разводом и последовавшей за этим депрессией.Последним альбомом на сегодня является 01011001. Его релиз состоялся 28 января 2008 года. В записи альбома участвовали Ханси Кюрш (Blind Guardian), Флор Янсен (After Forever), Симона Симонс (Epica), Йонас Ренксе (Katatonia), Даниэль Гильденлёу (Pain of Salvation), Том С. Энгланд (Evergrey), Йорн Ланде, Аннеке ван Гирсберген (экс-the Gathering), Стив Ли (Gotthard) и другие. В сюжете есть связь со всеми альбомами (в песне The Truth is Here Арьен Лукассен вспоминает все свои альбомы).25 апреля 2008 года Арьен выпустил новый EP Ayreon под названием Elected. EP включает в себя две композиции из альбома 01011001, одну из The Human Equation и кавер-версию Alice Cooper (Elected) с вокалом Арьена и Тобиаса Саммета. 16 сентября 2008 года, на своём официальном веб-сайте Арьен анонсировал выпуск сборник Timeline, который объединит избранные композиции со всех альбомов Ayreon, а также неизданное и будет состоять из трех CD и DVD. Выход альбома состоялся 7 ноября в Европе, и в начале 2009 года в Северной Америке.После этого Арьен заморозил Ayreon и начал заниматься сайд-проектами (Star One, Guilt Machine и другие). По поводу нового альбома Ayreon Лукассен заявил следующее:Будет ли следующий альбом Ayreon, я не уверен. Может пройти десять лет прежде, чем я решу записать что-то новое. Я уже отмечал, что во многих ревью на 01011001 говорится, что в нём были крутые моменты, это было типичное звучание Ayreon и ничего нового не было предложено. Думаю, что могу согласиться с этим. Я решил остановиться в этой истории именно на этом звучании, а тем временем я посвящу себя другим проектам. Если я всё же решу вернуться к Ayreon, я сделаю что-то совершенно отличное от того, что было до этого. Я не знаю как (улыбается), но всё будет по-другому.