С 1999 года А.Курпатов работал в Клинике неврозов им. академика И.П. Павлова (СПб ГПБ №7) — сначала врачом-психотерапевтом кризисного отделения, затем — заведующим Санкт-Петербургским Городским психотерапевтическим центром, руководителем организационно-методического отделала по психотерапии Комитета по здравоохранению Администрации Санкт-Петербурга. С 2000 года выполнял обязанности эксперта по психотерапии Лицензионной палаты Санкт-Петербурга. Автор двух программ по аккредитации медицинских служб в учреждениях здравоохранения – психотерапевтической и сексологической.