Первое письменное упоминание о деревне Вычерема относится XVI веку. В писцовой книге Бежецкой пятины от 1564 года перечислены деревни в погосте Богородицком на Белой, которые принадлежали Воскресенскому женскому монастырю, стоявшему в Гончарном конце древнего Новгорода. Среди них деревня Нижней Вычемер (3 двора, 2 обжи), с которой отождествляется современная Вычерема. Согласно более поздним источникам, деревня числится в составе Льзичской волости Боровичского уезда. В более поздних материалах 1785 года она отмечена как Вичемера, «11 дворов, на суходоле»… Скорее всего, название деревни непосредственно связано с древнеславянским именем Вычемер, которое позже преобразовалось в Вычерему.