"The Beatles" начали запись "Lady Madonna" 3 февраля 1968 г., записав 3 дубля ритм-трека. Маккартни играл на пианино, Старр использовал вместо барабанных палочек щеточки. Вечером Пол добавил партию баса, Леннон и Харрисон играли на гитарах, пропущенных через эффект "Фузз". Во время той же сессии Маккартни записал вокал в две дорожки, а Леннон с Харрисоном – бэк-вокал. Три дня спустя Пол добавил второй голос и еще одну партию пианино, остальные битлы записали хлопки в ладоши. Леннон и Харрисон пропели строчку "See how they run" и вокализированную имитацию духовых в бридже.В тот вечер четверо саксофонистов подписали контракт на дополнение к песне. Их решили позвать в самый последний момент, поэтому все их партии были в основном сымпровизированы. Пол наиграл песню на пианино, раздал музыкантам ноты и карандаши.Билл Джекмэн: "Если бы у нас была готовая музыка, мы бы управились за 10 минут. Но мы потратили целый вечер на запись партии саксофонов, слушая в наушниках основной ритм-трек".