В 1865 году биограф композитора, музыкант Людвиг Ноль (1831—1885), обнаружил рукопись «К Элизе» у Бабетты Бредль в Мюнхене. Рукопись состояла из альбомного листа с посвящением и нот. На альбомном листе рукой Бетховена было написано: Элизе на долгую память от Л. в. Бетховена, 27 апреля. Год указан не был, однако на нотах, прилагавшихся к посвящению, имелись также наброски к появившемуся в 1810 году «Эгмонту» (опус 84), что позволяло датировать рукопись 1810 годом.В 1867 году Людвиг Ноль впервые опубликовал имевшиеся у него материалы в том виде, в котором мы знаем эту фортепьянную пьесу теперь, но сама рукопись вскоре бесследно исчезла.В октябре 2009 года исследователь творчества Бетховена, испанский пианист Лука Кьянторе в своем докладе в Барселонском университете заявил, что имеет основания предполагать, что Бетховен мог не быть автором «К Элизе» в форме версии, опубликованной Людвигом Нолем. Согласно проведённым им восьмилетним исследованиям, тема произведения и практически весь материал, содержащийся в пьесе, несомненно, принадлежат Бетховену, что доказано тщательной проверкой черновиков рукописи BH 116, хранящейся в доме-музее Бетховена в Бонне, но самой партитуры с автографом, давшем имя произведению, никогда не существовало.В 1923 году исследователь творчества Бетховена Макс Унгер предположил, что Ноль неправильно интерпретировал неразборчивый почерк композитора, и «К Элизе» на самом деле было посвящено пианистке и ученице Бетховена Терезе Малфатти фон Роренбах цу Децца (1792—1851), виртуозно исполнявшей его произведения. Это предположение было основано на том, что Бетховен ухаживал за ней и даже собирался жениться, но получил отказ. Кроме этого, рукопись долгое время хранилась именно у неё. К Бабетте Бредль, владевшей и другими документами из архива Бетховена, она могла попасть через композитора Рудольфа Шахнера (1816—1896), друга семьи Малфатти, унаследовавшего все музыкальные архивы Терезы.По другой версии, выдвинутой в 2009 году берлинским музыковедом и исследователем творчества Бетховена Мартином Копитцем, автором издания «Бетховен глазами своих современников», пьеса «К Элизе» была посвящена немецкой сопрано-певице Элизабет Рёкель, младшей сестре друга композитора, тенора Йозефа Рёкеля. В дружеском кругу девушку звали Элизой, а когда в 1810 году она переехала из Вены в Бамберг, Бетховен сделал ей прощальный подарок. Однако каким образом пьеса попала к Терезе Малфатти ещё при жизни Элизабет Рёкель, остаётся неясным.