Первоначальный вариант названия группы — «Али-Баба и сорок разбойников», вариант «Наутилус» был предложен в 1983 году звукорежисёром группы Андреем Макаровым. В 1985 году по инициативе Ильи Кормильцева, с которым группа тогда уже начала сотрудничество, название было расширено до «Наутилус Помпилиус», чтобы избежать путаницы, поскольку в то время по стране насчитывалось несколько десятков групп с аналогичным названием, в том числе и московский «Наутилус» Сергея Кавагое, незадолго до этого покинувшего «Машину Времени». В сопроводительной записке ко второму альбому группы («Невидимка»), выпущенному в том же 1985 году, факт обретения группой окончательного названия был зафиксирован следующим образом: «Группа названа в честь голожаберного моллюска, который от природы красив и обаятелен».