Режиссером клипа для «Just like a Pill» стал Фрэнсис Лоуренс для LaFace Records. Клип к песне значительно отличается от предыдущих клипов Pink. «Get the Party Started» и «Don’t Let Me Get Me» были более светлыми по своей природе, чем в темной атмосфере, как отражено в клипе «Just like a Pill», к примеру, тот факт, что Pink можно увидеть в черном одеянии на протяжении всего клипа. В первой сцене Pink лежит на полу. В припеве она поет перед группой. Также она появляется в сцене с белыми кроликами по всей комнате, а в другой сцене, она показана со слоном. Есть также сцены, где Pink поет перед и среди различных людей. Во второй половине клипа, она бежит по холлу, поя песню, потом исчезает в ярком дверном проеме в конце клипа.В цензурной версии клипа/песни изменено «Can’t stay on your morphine, it’s making me itch» (русск. Не могу торчать на твоем морфии, у меня на него аллергия) на «Can’t stay on your life support, it’s making me itch» (русск. Не могу полагаться на твою поддержку в жизни, у меня на него аллергия), и изменили «bitch» (русск. стерва) на «switch» (русск. обманщица). Рот Pink только один раз замазан в цензурной версии, когда она говорит «bitch» примерно на 2 минуте 45 секунде в клипе.