На момент своего основания в 1264 году Сёдэн-ин был самостоятельным храмом. Кайсаном (основателем) храма был дзенский монах Гио Сёнин. В то время Сёдэн-ин был расположен в районе Киото Гион. Храм пришел в упадок после смуты годов Онин в 15 веке, однако был восстановлен в 1618 году Одой Уракусаем, младшим братом Оды Нобунаги и учеником мастера чая Сен-но-Рикю. Ода Уракусай практиковал чайную церемонию в храме и для этой цели построил отдельный чайный домик под названием Дзо-Ан. Сёдэн-ин процветал в течение многих лет, наряду с многочисленными субхрамами, построенными на его территории.Храм Эйген-Ан был основан в 1346 году дзэнским священником Мугаи Нинко. Этому храму также покровительствовали японские военачальники. В период Северного и Южного дворов Эйген-Ан стал семейным храмом Хосокавы Йориари, военачальника того времени. В период Сенгоку (воюющих государств) военачальник Фукусима Масанори использовал храм в качестве временной резиденции. Эйген-Ан должен был быть упразднён в эпоху Мэйдзи (с конца 1800-х годов). Однако благодаря поддержке государственного деятеля Хосокавы Моритацу, потомка Хосокавы Йориари, храм был сохранён. На его территорию был перемещён храм Сёдэн-ин, и два храма были впоследствии объединены в один. Храм, образованный в результате слияния, был назван Сёдэн Эйген-ин.Таким образом, Сёдэн Эйген-ин образовался в результате слияния нескольких храмов и субхрамов и в наши дни является субхрамом Кеннин-дзи. Есть много «белых пятен» в истории Сёдэн Эйген-ин, и исследование прошлого продолжается даже сейчас. Сёдэн Эйген-ин славится прекрасными росписями перегородок (фусума), чайным домиком под названием Дзo-ан и прекрасным садом.