Чистые пруды известны с XVII века как Поганые пруды (в них сбрасывались отходы располагавшихся неподалеку мясных лавок и боен). Из прудов вытекала река Рачка, протекавшая на юг и впадавшая в реку Москву. В начале XVIII века пруды вошли в состав московского имения А. Д. Меншикова, были вычищены и с того времени получили название Чистые пруды.В 1990 году название «Чистые пруды» получила станция московского метрополитена.