Санторини - это остров(а) вулканического происхождения и является по сути вершиной кратера подводного вулкана. В результате извержения центральная часть обвалилась вовнутрь кратера.
Вот что пишет wikipedia про историю острова:
"Древнейшее население Фиры, которое появилось здесь ок. 3000 г до н. э., было догреческим....В этот период остров, должно быть, назывался Стронгила (Круглый) по причине своей формы, поскольку вулкан Санторин, который находился в центре острова и имел высоту 1,5 км, в то время ещё не начал своё разрушительное действие.