Злой разбойник Бармалей, именем которого давно пугали детей, сидит в тюрьме под охраной Гиппопотама. Друзья-пираты помогают своему главарю сбежать, но Гиппопотам тайком проникает на их корабль и старается выведать планы злодеев. В это время тётушка Варвара, сварливая сестра доброго доктора Айболита, уходит от брата, заявляя, что ненавидит зверей, которых любит и лечит доктор. По воле случая Варвара попадает на пиратскую шхуну. Шхуна причаливает к берегам Африки, где разбойники устраивают для зверей представление «Муха-Цокотуха» (партию Мухи исполняет Варвара), а затем раздают отравленное угощение, и все звери заболевают. Гиппопотам, который всё видел, звонит в Ленинград Айболиту…