В конце 2002 года Марк Янсен покинул After Forever из-за творческих разногласий с остальным коллективом и стал собирать музыкантов для своего нового музыкального проекта. Еще до ухода из After Forever он, вместе с Адом Слюйтером, гитаристом из группы Cassiopeia, организовал сайд-проект, тематика которого была основана на музыке к фильмам. Кроме Ада Слюйтера, в новую группу, названную Sahara Dust, также вошли басист Ив Хатс из Axamenta, клавишник Коэн Янссен и барабанщик Иван Хендрикс. Вскоре место Ивана Хендрикса занял Деннис Лифланг из Within Temptation. Но и он пробыл в команде недолго, уступив место Йеруну Симонсу, барабанщику из группы Ада, Cassiopeia. В начале 2003 года на место ведущей вокалистки группы Марк пригласил Хелену Михаэльсен из Trail of Tears, однако вскоре её сменила юная и ещё никому не известная вокалистка Симона Симонс, девушка Янсена. Хелена Михаэльсен основала проект Imperia. Также в 2003 году название группы было изменено на Epica под впечатлением от альбома "Epica" группы Kamelot, фанатами которой являются все участники группы. Новое название группы имело 2 значения. Во-первых, это дань группе Kamelot, а во-вторых, Epica — это место во Вселенной, где можно найти ответы на всего насущные вопросы. Это значение, которое идеально подходит к содержанию лирики группы.Epica стала использовать в своей музыке хор из двух мужчин и четырёх женщин, а также струнный оркестр: три скрипки, два альта, две виолончели и контрабас. Дебютный альбом группы, "The Phantom Agony", вышедший в июне 2003 года, продюсировал Саша Пает, известный по работе с такими коллективами, как Angra, Rhapsody of Fire и Kamelot. По некоторым данным, хор, участвовавший в записи альбома, состоял из 6 мужчин и 6 женщин. Альбом быстро стал популярным в Голландии, а затем и во всей Европе. В поддержку альбома было выпущено три сингла ("The Phantom Agony" (сингл), "Feint", "Cry For The Moon") и проведено полноценное турне. Кроме того, Epica поучаствовала на ряде фестивалей, в том числе на немецком Wave Gotik Treffen, бельгийском Graspop и турецком Rock The Nations. В сентябре 2004 года коллектив выпустил свой первый DVD, "We Will Take You With Us", представляющий собой live-видео из студии. Второй альбом группы, названный "Consign to Oblivion" и вышедший в 2005 году, был написан под влиянием культуры цивилизации майя и таких известных композиторов, пишущих музыку к фильмам, как Ханс Циммер и Дэнни Эльфман. В записи песни альбома принимал участие вокалист Kamelot Рой Хан (песня "Trois Vierges"). В ответ, Симона Симонс снялась в промо-видео "The Haunting" группы Kamelot. Кроме того, Epica (как группа поддержки) отправилась в тур вместе с Kamelot, продвигавшей свой альбом "The Black Halo". В сентябре 2005 года Epica создала третий альбом, "The Score - An Epic Journey", саундтрек к голландскому фильму "Joyride". В сентябре 2007 года Epica выпустила четвёртый альбом — "The Divine Conspiracy". Это первый концептуальный альбом группы. Он завершает начатую ещё After Forever серию о религии "The Embrace That Smothers" (Объятия, которые душат). Концепция альбома посвящена мировым религиям. По словам музыкантов, этим альбомом они хотят донести до слушателя, что, несмотря на огромное количество верований в нашем мире, люди должны осознать, что суть всех религий в одном. В целом альбом можно охарактеризовать как намного более тяжёлый, но вместе с тем и более готичный. Возросла роль ударных, а гроулинг Марка Янсена присутствует почти во всех песнях 16 декабря 2008 года гитарист Ад Слюйтер покинул группу. На своей странице в MySpace Ад оставил сообщение с причинами ухода из группы, одной из которых было отсутствие времени на сочинение музыки из-за плотного графика выступлений. В январе 2009 года ему была найдена замена в лице Исака Делахайе, ранее игравшего в группе God Dethroned. 4 марта 2009 года группа объявила о своём возвращении в студию, где уже начата запись новых песен. В апреле 2009 года было объявлено название нового альбома — "Design Your Universe". Выход альбома состоялся 16 октября 2009 года. В сентябре 2010 года Epica дала 2 концерта в России: 9 сентября в Санкт-Петербурге и 10 сентября в Москве. Также Epica выпускает музыку к играм, без вокала, в частности "Diablo 2" и "Diablo 3".