Действие разворачивается за 20 лет до событий «Halo: Combat Evolved». Крейсеру «Дух огня», отправленному Космическим Командованием Объединённых Наций (ККОН), велено расследовать и пресечь действия Ковенанта на планете Жатва (место первого контакта с инопланетянами). Узнав о загадочных раскопках ковенантов под предводительством неизвестного Арбитра, капитан корабля Джеймс Каттер посылает своих солдат разузнать что происходит.