Первые года существования обители совпали с тяжелым временем для Руси. Хотя и минуло уже больше столетие из тех пор, как Русь сняла из себя татаро-монгольское иго, но отдельные татарские стаи все еще создавали опасность для русской земли. Они предавали огню и мечу все, что встречалось на их пути. В 1607 году один из таких отрядов появился под Почаевом. в то время один монах проходил горой, совершая молитвы. Какой-либо татарин, в надежды получить невольника, подскочил к нему, но увидев, что инок старый, саблей отрубил ему голову. Монах не умер сразу, а взяв в руки отрезанную голову, донес ее к монастырю, положил перед чудотворной иконой Богоматери и только тогда отдал дух свой Господу, удивив всех. Потомок Анни Гойской Андрей Фирлей, будучи лютеранином, чинил Обители всякие нелады, желая закрыть монастырь и отобрать себе имения, в 1623 году он направил в обитель своих слуг, которые ограбили монастырское имущество и украли Чудотворную икону. Однажды, позвавши гостей, он одел свою жену в священничиские ризы, дал ей в руки Святую Чашу и принес Чудотворную Икону для насмешки . На Фирлееву жену "напал лютий бес, которым она была мучима" до тех пор, пока икону не возвратили в монастырь. В 1674 году один почаевский монах, находившийся в турецком плену и горячо молившийся Пресвятой Богородице, в праздник успения был чудесным образом перенесен в обитель. В Лавре и по сей день хранятся его ручные оковы. В 1704 году один юноша, пришедший в Почаев на праздник успения и теснимый толпой, свалился в колодец, но, сердцем вздохнув к Почаевскому Чудотворному Образу Божией Матери, в последний момент уцепился за неизвестно кем протянутую ему верёвку.