Группа была сформирована весной 2000 года Юхой Райвио и Паси Пасаненом, ранее игравшими в группе Plutonium Orange. Они репетировали несколько песен, одной из которых была "Through Her Silvery Body" с первого демо "Out Of This Gloomy Light".По словам знаменитого музыканта Тапио Вильска, группа Swallow The Sun является "лучшим музыкальным экспортом Финляндии". В 2001 году к группе присоединились гитарист Маркус Ямсен, которого Райвио и Пасанен знали по предыдущим коллективам, и вокалист Микко Котамяки из Funeris Nocturnum, а вскоре после первой репетиции также басист Матти Хонконен и клавишник Алекси Мунтер.Весной 2002 они начали готовить репертуар для своей первой демо-записи, выпущенной в январе 2003 года. Запись осуществлялась в студии Sam's Workshop совместно с Сами Кокко.Через несколько месяцев после записи первого демо был подписан контракт с лейблом Firebox Records. В течение следующих трёх недель они записали свой дебютный альбом "The Morning Never Came".В феврале 2005 года, Swallow The Sun выпустили свой второй альбом - "Ghosts Of Loss". Сингл "Forgive Her..." занял 4-е место в списке в Finnish Top 20 Singles Chart в первую неделю релиза, и оставался в чарте 6 недель. Их альбом также вошёл в чарт, заняв восьмое место: между Гвен Стефани и System Of A Down.В 2006 году был подписан контракт с Spinefarm Records. В том же году группа совершила небольшое концертное турне по Европе.В январе 2007 года вышел третий альбом, "Hope", который включает в качестве бонуса кавер-версию песни Timo Rautiainen & Trio Niskalaukaus "Alavilla Mailla" (переведённую на английский и названную "These Low Lands"), которую исполнил Томи Йоутсен, фронтмен группы Amorphis. Этот трек вошел как бонус к диджипак-изданию альбома. Также в записи альбома принял участие Йонас Ренске из Katatonia, который поёт в песне "The Justice Of Suffering". В конце 2007 они отправились в турне по США вместе с Katatonia, Scar Symmetry и Insomnium.В начале 2008 группа приступила к записи мини-альбома под названием "The Plague Of Butterflies", который был выпущен в сентябре того же года. Это 35-минутное демо, которое состоит из трёх треков, наполненных мраком, красотой и отчаянием. Этот релиз повествует о старом отшельнике, глубоких лесах, одиночестве и чуме. Кроме основного материала, миньон включает в себя редкое демо "Out Of This Gloomy Light" (2003). Ещё никогда группа не показывала свою полярность. Здесь есть всё: он криков отчаяния и до душераздирающих пассажей.18 мая 2009 года группу покинул барабанщик Паси Пасанен, его место занял участник финской группы Wintersun, Кай Хахто (Kai Hahto). С июня по июль Swallow The Sun поводят три недели в Fascination Street Studios в Швеции со своим продюсером Йенсом Богреном, записывая свой четвёртый полноформатный альбом "New Moon". Релиз альбома состоялся в ноябре этого же года. На трек "Falling World" был снят видео-клип.В апреле 2010 года группа отправляется в тур по Северной Америке вместе с Finntroll, Moonsorrow и Survivors Zero. Летом музыканты впервые посетили Израиль, а также приняли участие в румынском фестивале ARTmania, а осенью состоялся европейский тур с Sólstafir и Mar De Grises. По итогам этого года в рамках тура в поддержку "New Moon" было дано 146 концертов в 24 странах мира, включая два вояжа в Северную Америку.Также музыканты объявили, что готовят материал для нового полноформатного альбома, релиз которого намечается на начало 2012 года. Вскоре группа отправилась в Drumforest Studios в Виитасаари, где при помощи легендарного звукоинженера Микко Кармила (Nightwish, Sentenced, Amorphis и Children Of Bodom начала запись "Emerald Forest And The Blackbird", релиз которого назначен на 1 февраля 2012 года.В январе 2012 года Swallow The Sun анонсировали 21 шоу в Финляндии совместно с The Man-Eating Tree.